El problema de las EEI debe afrontarse en tres etapas:
1) Prevención.
2) Detección temprana y erradicación inmediata tras su entrada del foco incipiente.
3) Contención y control. Al fallar la erradicación.
La prevención debe ser asumida como la etapa más importante de la lucha contra las EEI, puesto que una vez introducidas, será enormemente difícil su control y erradicación. Se deberá actuar bajo el “principio de precaución”, ya que debido a la complejidad e imprevisibilidad de las invasiones biológicas, no se debe esperar a la existencia de pruebas científica para posponer o no adoptar medidas que eviten la invasión. Son fundamentales las campañas de información,concienciación y educación ambiental sensibilizando sobre el problema y las medidas de exclusión.
Es necesario establecer protocolos de detección temprana para la toma inmediata de las medidas de control. Las actuaciones de control y erradicación están basadas en intervenciones de tipo físico-mecánico, químico o biológico.