En este apartado se realiza un resumen de las características de las zonas afectadas por alguna figura de protección, ordenadas según su rango normativo, desde figuras internacionales a figuras autonómicas.
La DHGn cuanta con dos Reservas de la Biosfera, con una superficie total de 490.742 ha, situadas principalmente en Castilla La Mancha.
La Reserva de la Biosfera de la Mancha Húmeda se extiende íntegramente por la comunidad autónoma de Castilla-La Mancha y asimismo íntegramente incluida en la DHGn. Abarca una extensión de 418.087 ha. Su singularidad es la diversidad de zonas húmedas, tanto fluviales en forma de ríos palustres y de cadenas de cascadas, como lagunares hipogénicas y mixtas, éstas con aguas dulces, salinas e hipersalinas que en conjunto superan las 25.000 ha en una zona semiárida. Las zonas núcleos con las tablas de Daimiel, las Lagunas de Ruidera y los Humedales de la Mancha. Afecta a 28 municipios de las provincias de Albacete, Ciudad Real, Cuenca y Toledo.
La Reserva de la Biosfera Dehesas de Sierra Morena se extiende íntegramente por la comunidad autónoma de Andalucía, y parcialmente en la DHGn. Su singularidad es la extensión de dehesas, pastizales sombreados por encinas, quejigos, rebollos y alcornoques, que se configuran como un modelo único de desarrollo sostenible. Afecta a 77.083 ha de 12 municipios de la provincia de Huelva.
Son las zonas húmedas declaradas bajo la Convención sobre los humedales, firmada en Ramsar, Irán, el 2 de febrero de 1971, a la que España se adhirió el 18 de marzo de 1982. La DHGn cuenta con 9 humedales Ramsar, con una superficie total de 17.332 ha.
La Red Natura 2000 es una red de lugares de alto valor ecológico que constituye el principal instrumento para desarrollar las políticas de la Unión Europea orientadas a garantizar la conservación de la biodiversidad, prestando especial atención a los hábitats y a las especies de flora y fauna más amenazada. Es el resultado de la aplicación de dos Directivas comunitarias, la Directiva 2009/147/CE del Parlamento Europeo y del Consejo de 30 de noviembre de 2009 y la Directiva 92/43/CEE del Consejo de 21 de mayo.
La Directiva 92/43/CEE (Directiva Hábitats), relativa a la conservación del hábitat natural y de la fauna y flora silvestres, define una serie de hábitats y especies para cuya conservación es necesario designar unos Lugares de Importancia Comunitaria (LIC).
Por otra parte, la Directiva 2009/147/CE (Directiva Aves), relativa a la conservación de las aves silvestres, determina la necesidad de proteger el hábitat de una serie de especies de aves, definiendo Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA). Ambas Directivas propugnan el mantenimiento de ecosistemas, en el primer caso asociados a unos tipos de hábitats concretos (Anexo I de la Directiva Hábitats), y en el segundo que alberguen ciertas especies de aves (Anexo I de la Directiva Aves).
En la DHGN se incluyen 82 Zonas de Especial Conservación (ZEC), 4 Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) y 55 Zonas de Especial Conservación para las Aves (ZEPA). La superficie conjunta de estas zonas de protección es de 9.197,56 km2, lo que supone que el 16,56% la superficie de la cuenca está bajo la protección de la Red Natura 2000.